祁门红茶的发酵度为70%~90%。发酵是祁门红茶制作的关键步骤，也是茶色变红的决定性工序。只有经过揉捻的祁门红茶发酵后，绿茶才会逐渐变成红色，从而形成了祁门红茶特有的色、香、味。
祁门红茶的发酵过程：
将卷好的茶叶放入发酵竹篮或发酵车中，然后进入发酵室进行发酵。这时，掌握茶多酚氧化酶进行氧化聚合反应所需的温度、湿度和氧化量就显得非常重要。
1、揉捏后，叶发酵起点要求一致
每个过程都是环环相扣的。如果做得不好，想要恢复就更困难了。红茶揉捻要求细胞破坏率高达70-80%。红茶的品质必须具有高的细胞破坏率，更重要的是细胞破坏率高。由于单位时间的细胞破坏率较低，细胞破坏的时间差较大，发酵的起点很不一致，会导致发酵不均匀。
2. 温度
发酵时室温一般应控制在20~28左右，发酵叶温应保持在30左右。如果叶温超过40，必须搅拌消散，以免发酵过度，让红茶的毛茶滋味变淡，颜色也会变深，尤其是在高温季节，更要注意。采取降温措施。
3、湿度
一般空气湿度保持在90%以上，更有利于提高多酚氧化酶的活性，也有利于茶黄素的形成和积累。
4、叶片厚度
叶子的厚度一般为9~12厘米，特别是嫩叶和小叶要薄铺，老叶和大叶要厚铺，气温较低时要厚铺，当温度高，需要薄铺，但无论是厚铺还是薄铺，都要保持发酵良好的通风。
5、发酵时间
掌握发酵时间也很重要。一般发酵时间在5到7小时左右，因为明天之前气温较低，如果房间暖气的话可以缩短发酵时间。当发酵后的茶叶中的青草气消失后，新鲜的，有新鲜的果香，叶子变红。